Het Kofschip heeft twee panden van het Museum in eigendom. Het pand Midstraat 99 en het Johannes Hesselpakhuis. Deze worden hieronder beschreven. Omdat de panden deel uitmaken van het museumcomplex wordt hieronder ook aandacht besteed aan de andere panden van het museum Joure.

Het terrein
Museum Joure is gevestigd op het terrein van twee belangrijke voormalige Jouster ondernemingen: Douwe Egberts en kopergieterij Keverling.

In 1831 kocht Hessel Douwes de Jong, de zoon van Douwe Egberts een “koopmanshuizinge met werkhuis en afzonderlijk pakhuisje”. Zijn zoon Johannes Hessel voegt hier in 1871 een klein winkelpand met achterliggend terrein aan toe, dat wij nu kennen als De Witte Os. In de jaren hierna worden aan het terrein grenzende kleine lapjes grond aangekocht, zodat uiteindelijk het erf van de familie De Jong, de nazaten van Douwe Egberts, grensde aan de Overspitting.

In 1854 erfde Petrus Sybrandus Keverling op zestienjarige leeftijd de leerlooierij van zijn vader Brant om er een kopergieterij te beginnen. In 1911 werd er een nieuwe kopergieterij aan de overzijde van de opvaart gebouwd. In 1954  werd de voormalige daklozenopvang ‘It Sael’ gekocht en totaal verbouwd om daar de koperen producten te gieten. Aan het einde van de jaren 70 van de vorige eeuw hield de kopergieterij op te bestaan.  De panden en het terrein werden door de gemeente Haskerland gekocht.

Pand Midstraat 99
In 1831 kocht Hessel Douwes de Jong de koopmanswoning met een achterliggend werkhuis, dat aanvankelijk een boerderij was. Iets waar Hessel Douwes eigenlijk meer affiniteit mee had. Het lot wilde dat hij uiteindelijk toch de zaak in koloniale waren, waarbij vooral koffie en tabak belangrijk waren, voortzette. In 1850 regelde hij het recht van overpad door de steeg, tussen nr. 97 en 95, naar de Midstraat, zodat het bedrijfsgedeelte achter het pand bereikbaar werd.

In 1881 verwoestte een felle brand het pand, evenals nog 13 panden in dit gedeelte van Joure.

Het pand werd snel herbouwd in een eclectische stijl, dat wil zeggen dat het pand elementen van de barokke Lodewijk IV-stijl kent, evenals Art Nouveau- en neo klassieke elementen. Achter het woongedeelte werden o.a. koffie, tabak en thee verwerkt. Ook was tot 1914 de handel in gedestilleerd in dit pand gevestigd.

De familie De Jong woonde tot 1951 in het pand. Daarna is het nog korte tijd, tussen 1965 en 1972, een ‘centraal kosthuis’ geweest voor vrijgezelle mannelijke (kantoor)werknemers die van buiten Joure waren aangetrokken. Nadat de gezinnen van Swart en Steeman nog enkele jaren op het huis hebben gepast, staat het vanaf 1995 leeg. Na een grondige verbouwing gaat het pand in 2001 plaats bieden aan de kantoren t.b.v. de museumstichting en de VVV. Op de binnenplaats komt in 2018  de centrale gezamenlijke balie en krijgt het museum een ontvangstruimte, het ‘Kofjelokaal’, en een museumcafé in de aan het pand grenzende tuinkamer + serre.
In het pand zijn nog enkele kamers in oude stijl bewaard gebleven, zoals de salon beneden en op de eerste verdieping ‘De mooie kamer’.

Het Johannes Hesselpakhuis
In 1898 liet Cornelis Johannes de Jong  een bedrijfspand bouwen voor de opslag van koffie en tabak. Ook vond hier het mêleren plaats. De verdere verwerking geschiedde in het bedrijfswoonhuis. Een 23 meter lange brug met een rails zorgde voor de verbinding tussen de beide panden. Aanvankelijk geschiedde de verwerking van de thee in een naburig pand waar nu de Sinnebuorren ligt. Na 1914, als de koffie- en tabaksverwerking naar de Slachtedijk verhuizen, komen de theewerkzaamheden naar het pakhuis, totdat ook die in 1933 de koffie en de tabak achterna gaan.

In de bezettingsjaren dient het pakhuis nog als schoollokaal, als alternatief voor de door de Duitsers gevorderde scholen. En na de oorlog biedt het plaats aan verenigingsactiviteiten, totdat het in juli 1976, na een grondige restauratie, geopend wordt als museum Johannes Hesselhuis. In de daaropvolgende jaren heeft een actief museumbestuur, onder aanvoering van Karel Gildemacher en Piet Postma de grondslag gelegd voor een prachtig museumcomplex. In 1977 wordt Stichting Het Kofschip opgericht voor het beheer van de voormalige bedrijfspanden.

In 2001 vindt er een ingrijpende verbouwing plaats, waarbij de entree verplaatst wordt naar een nieuw gebouwd verbindingsgedeelte. In 2013 volgt dan het besluit tot renovatie, waarbij het de pakhuisuitstraling terugkrijgt en tevens het nodige asbest verwijderd wordt.

In 2018 is de entree, met verkoop van de toegangskaarten, uiteindelijk verplaatst naar de voormalige binnenplaats achter de panden aan de Midstraat.

Kleine Keverling pakhuis
Het Keverlingpakhuisje is een in het midden van de 19^e eeuw gebouwd pakhuisje, bestemd als opslag van metaalwaren. Het werd in 1977 met een verbindingsgang verbonden aan het Johannes Hesselhuis. In 1986 volgt een verbouwing tot koffiekamer, waar ook lezingen worden georganiseerd voor een beperkt publiek. Na de verbouwing in 2001 wordt de aanbouw grondig aangepakt en ontstaat een nieuw entreegebouw, terwijl de koffiekamer verplaatst wordt naar Pand 99. Het pakhuisje wordt dan een personeelsruimte en als die in 2023 verhuist naar het entreegedeelte wordt er gewerkt aan het realiseren van een proeflokaal.

Het geboortehuisje/Egbert Douweshuisje
Deze dubbele arbeiderswoning stond aanvankelijk aan de Bramerstraat in Idskenhuizen. In 1723 werd hier Egbert Douwes, de vader van Douwe Egberts en grondlegger van het Douwe Egbertsbedrijf, geboren. Reden voor zijn nazaat Cornelis Johannes de Jong om de woning rond 1935 te kopen. Het pand wordt tot 1973 verhuurd en dreigt na leegstand te verpauperen. Na de oprichting van het museum Johannes Hesselhuis in 1976 ontstaan er al snel plannen om het af te breken en in de tuin van het museum weer op te bouwen, als onderdeel van het museum. Dit gebeurt uiteindelijk ook en in 1981 wordt het huisje als onderdeel van het museum geopend. Idskenhuizen krijgt er als herinnering een waterput voor terug.

Het rechtergedeelte is ingedeeld zoals het ongeveer was in het begin van de 18^e eeuw. Het linkergedeelte biedt een indruk van de vroege koffie- thee- en tabaksteelt.

Arbeidershuis
Eenvoudig dubbel arbeidershuis, vermoedelijk gebouwd in het begin van de 20^e eeuw voor werknemers van Keverling. Na beëindiging van het bedrijf in 1980 koopt de gemeente het pand. Het museumbestuur wil het pand graag geschikt maken als woning voor beheerder Pasma, maar daar ontbreken aanvankelijk de financiële middelen voor. Uiteindelijk wordt het pand toch gerenoveerd en geschikt gemaakt als beheerderswoning. De gemeente draagt het beheer over aan het museumbestuur. Pasma woont er van 1989 tot 1999.

Na het vertrek van Pasma wordt het huis aan de overige museumpanden toegevoegd en krijgt de koperslagerij van de firma Dijkstra een plek. Deze firma leverde veel fraai koperwerk in de beginperiode van het geschenkenaanbod op punten van Douwe Egberts.

In het achterste gedeelte worden drie soorten koffie gebrand: Ouwe Douwe, Pittige Weduwe en Batavia 1753, exclusief te koop in museumwinkel De Witte Os.

Eerste Keverling Fabriek
In 1854 is Petrus Sybrandus Keverling de 16-jarige erfgenaam van zijn vader, leerlooier en schoenmaker Brant Keverling. Hij besluit eigenlijk direct om de leerlooierij om te vormen tot kopergieterij. In betrekkelijk korte tijd  weet Petrus Sybrandus van het bedrijf een succes te maken. Hij heeft een goed oog voor wat de samenleving aan koperproducten nodig heeft, ook als het na 1850 slechter gaat met de Jouster klokkenmakerijen.

In 1911 verhuist de kopergieterij naar een nieuw opgetrokken pand aan de overzijde van de opvaart en krijgt het oude pand de functie van kantoor en opslag.

Na 126 jaar houdt het bedrijf in 1980 op te bestaan. Uiteindelijk besluit de gemeenteraad na enig aarzelen het pand en de inventaris te kopen van de familie Keverling.

Het pand wordt genoveerd en na de voltooiing daarvan in juni 1986 om, als onderdeel van Museum Joure, plaats te bieden aan een klokkenmakerij en zilversmederij. Op de bovenverdieping krijgt de bakkerijcollectie van Wesseling een plaatsje. Na een reorganisatie in 2011 wordt de bovenverdieping ingericht als educatieruimte, waar met name kinderen opdrachten kunnen uitvoeren rond het thema ‘museum van het maken’.

Metaalwarenfabriek Keverling
In 1911 ontwerpt gemeentearchitect Jan Lanting het pand als uitbreiding van de kopergieterij. Het wordt een fraai gebouw in de zg. vernieuwingsstijl. Aan de voorzijde zijn de jaartallen 1854 en 1911 te zien, achtereenvolgens het jaar dat Petrus Sybrandus Keverling zijn kopergieterij opricht en het jaar waarin dit pand is gebouwd. Aanvankelijk siert ook een rondgemetselde schoorsteen het gebouw, maar die wordt bij de restauratie van het pand in 1984/85, op het basisgedeelte na, afgebroken.

Het interieur bevatte oorspronkelijk de cokes en gasoven van de gieterij. Evenals machines en behoeve van het slijpen, schuren en polijsten van koperproducten. Op de eerste verdieping vond het galvaniseren van metalen plaats. Het gebouw is cultureel erfgoed en staat op de monumentenlijst.

Na de overname van pand en interieur in 1980 wordt de kopergieterij nog enkele jaren verhuurd aan kopergieter R. Ruiter. In 1991 wordt het gebouw onderdeel van Museum Joure. Naast de presentatie van het kopergietersvak krijgt in de voormalige gieterij het Fries Grafisch Museum een ruimte beschikbaar. Op de verdieping wordt een kantoor ingericht voor de conservator. Na de verhuizing van het kantoor naar Pand 99 dient de verdieping als werk- en opslagruimte.

It Sael
Voor 1881 stond op deze plaats een schuur van boer Wielinga, aan het einde van de Kakelsteeg.

De schuur is in de grote brand, evenals de boerderij van Wielinga, verloren gegaan en op deze plek kwam een daklozenopvang, die de naam It Sael kreeg. In 1954 wordt het gebouw aangekocht door de firma Keverling en op de oude fundamenten verrijst dan het huidige gebouw, dat in de laatste jaren van de firma als kopergieterij fungeert. Verder biedt de ruimte plaats aan een modellenmakerij en rekken met talloze gietmallen. Na de beëindiging van het bedrijf in 1980 koopt de gemeente het pand met de overige bedrijfsgebouwen van Keverling. In 1991 wordt het toegevoegd aan het museumcomplex, aanvankelijk als werkplaats en depot.

In 2011 ondergaat het pand nog een grondige renovatie en worden er een beoogde stagewerkplaats en ambachtsexpositieruimte gerealiseerd. In deze laatste ruimte krijgt de grootste collectie Friese klokken in Nederland een plek. De oude oven staat er nog en herinnert aan de kopergieterij.